复旦大学化学系始建于1926年。在1952年全国高校院系调整中，原浙江大学、交通大学、同济大学、沪江大学、大同大学、震旦大学与复旦大学七校的化学系合并，成为今日的复旦大学化学系。历经九十年，复旦大学化学系已成为我国培养一流化学人才和开展面向国家战略需求的化学前沿研究的重要基地之一。复旦大学化学学科为国家重点一级学科，设有无机化学、分析化学、有机化学、物理化学、化学生物学五个二级学科。化学系为2011能源材料化学协同创新中心(iChEM)成员单位，并建有上海市分子催化和功能材料重点实验室、教育部创新科学仪器工程技术研究中心、上海市高校蛋白质化学生物学重点实验室、上海市手性药物工业不对称催化工程技术研究中心及复旦大学分子合成与识别科学中心，还作为主要力量建立了复旦大学先进材料实验室和生命医学研究院等跨学科研究平台。化学教学实验中心为国家级化学实验教学示范中心。拥有各类教学和科研实验室约1.8万平方米。2024年QS化学学科排名第32，2024年5月ESI化学学科排名第42位，篇均被引频次25.47。

化学系现有在职教职工191人，其中专任教师143人，行政管理和实验室技术人员48人。正高级职称75人，副高级职称70人，中级职称40人。有两院院士3人，双聘院士2人，国家杰出青年科学基金获得者25人，优秀青年科学基金获得者15人。

化学系是我国最早的化学一级学科博士学位授权点及博士后流动站之一，本科教育设有化学专业和应用化学专业，1993年被确定为“国家理科基础学科研究和教学人才培养基地”。在读本科生约400人，研究生628人(2021年5月)，另有相当数量的博士后人员。近年来，以“宽口径、厚基础、重能力、求创新”的原则对教学体系进行改革。开设的160门本科课程中，《物理化学》、《有机化学》、《普通化学》等专业课程为国家级和上海市精品课程，另有《化学与人类》等具广泛影响的优秀公共类课程；物理化学系列课程教学团队为首批全国教学优秀团队；编著的一系列新教材获得国家级和上海市优秀教材奖。在注重基础理论和实验技能训练的同时，十分重视学生素质教育、培养学生创新思维和研究能力。有3篇博士论文被评为全国百篇优秀博士论文，获“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛3项特等奖和1项一等奖。培养了一大批具有较高思想素质和创新能力、扎实基础知识和优良实验作风的优秀毕业生，赢得了社会高度评价。1952年至今培养了本科生7800余名、硕士1350余名、博士750余名，其中在化学系工作或学习、进修过的中科院、工程院院士32位。

化学系十分重视科研创新，坚持理论与实践结合、基础与应用兼顾的传统。近年来，以能源材料化学与生命健康化学为研究重点，积极开展面向国民经济和社会发展的高新技术和应用开发研究。近年来，共承担国家和有关部门科研项目300多项，承担企业科研项目近150项，累计经费近4亿元。在Science, Nature及其子刊和J. Am. Chem. Soc.、Angew. Chem. Int. Ed.等化学学科顶级刊物上发表高水平论文百余篇。先后获国家自然科学一等奖1项、二等奖2项，国家技术发明二等奖1项，国家科技进步二等奖1项。获批国家自然科学基金委基础科学研究中心1个、创新研究群体3个。

伴随着科研水平和教学质量的不断提升，化学系积极扩大国际影响，不断加快国际化进程，目前已与美国 UC Berkeley、UC Santa Barbara、法国巴黎高科等国外大学建立了长期合作的模式，本科学生国外交流每年近百人次；赵东元、麻生明等教授或担任国内外重要杂志的主编等职务，或在国际学术团体和重要国际会议中担任重要职务；化学系先后主办了一系列大型和双边国际会议，国际影响力不断增加。