根据2006年教育部关于组织申报教育部工程中心建设项目的通知（教技司[2006]325号），由化学系孔继烈教授牵头，联合我校杨芃原、张祥民、丁传凡、黄宜平、刘木清等教授等及上海精密仪器集团等企业，于2007年2月向教育部提交了建设“创新科学仪器工程研究中心”的报告。2008年10月，接教育部通知（教技函[2007]72号），工程中心获得批准。该“创新科学仪器工程中心”是依托复旦大学开展科学仪器工程技术创新与系统集成的科研实体，是学校科学仪器学科建设的重要内涵，是复旦大学985科技创新体系的重要组成部分。2018年6月，工程中心通过教育部验收，转入正式运行。

       工程中心自建设伊始，即以瞄准国家重大需求，聚集、培养和造就仪器研发人才，加强科学仪器自主研发和产业化能力，培育和孵化仪器研发创新企业，提升仪器研发的原始创新力和核心竞争力、实现科学仪器产业的升级转型和创新发展为核心宗旨。

       “中心”聚焦新型微型质谱仪器、小型色谱仪器、新型微流控芯片仪器、智能微型化医学诊断仪器、CCD微型光谱仪器等研究方向，建立了相应的工程研究实验室、技术开发平台及产业化基地，具备了该领域技术开发与工程化验证的条件与能力。所取得的成果包括：工程中心先后承担国家科技部、基金委重大仪器研制等项目100余项，经费总计1亿元以上。发表SCI/EI论文500余篇，授权发明专利60余项。曾获国家科技进步2等奖两项，省部级科技进步1等奖2项，2 等奖3项。同时，仪器工程化研发取得较大进展，一批科研成果实现了产业化，共建了3家产业化示范基地，孵育了两家仪器制造高科技企业。

       “中心”建立了一支知识结构和年龄结构合理的高水平研发和管理团队，拥有教授12人，高级研发人员28人，合作研发人员95人。已培养70余名硕士和博士毕业生，人才培养工作取得较大成绩。

       工程中心第一届技术委员会由张玉奎院士担任主任、北京大学邵元华教授等担任委员。目前第二届技术委员会由陈洪渊院士担任主任、樊春海院士任副主任，南京大学夏兴华教授等担任委员。