研究兴趣

生物质谱、蛋白质组学、代谢组学、生物信息学、计算蛋白质组、微流控芯片质谱联用、微生物质谱分析、微生物组宏蛋白组

学术任职

• 中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业分会，副秘书长

• 中国仪器仪表学会分析仪器分会，委员

• 中国生物物理学会氧化还原生物学与医学分会，理事

• 中国分析测试协会医学质谱分会，委员

• 中国分析测试协会微纳流控分析分会，委员

• 中国微米纳米技术学会微纳流控技术分会理事会，理事  

• 全国卫生产业企业管理协会实验医学（质谱分析）专家委员会，委员  

• 上海市化学化工学会分析化学专业委员会，委员

• 上海市化学化工学会大数据与人工智能专业委员会，委员  

• 《Applied Biochemistry and Biotechnology》, Springer Nature，副主编

• 《Chinese Chemical Letters》，Elsevier，编委  

• 《Scientific Reports》，Springer Nature，编委

• 《VIEW》，Wiley，青年编委

• 《高等学校化学学报》青年执行编委  

• 《质谱学报》编委  

• 《分析测试学报》青年编委

获奖情况

• 2025年获得国家自然科学基金委青年科学基金项目（A类）[原国家杰出青年科学基金项目]

• 中国物理学会质谱分会“2025年度质谱优秀青年人物”

• 美国华人质谱学会（CASMS）授予“CASMS Young Investigator Award 2023”

• 美国化学会Journal of Proteome Research杂志遴选为“2021 Rising Stars in Proteomics and Metabolomics”

• 2020年获得国家自然科学基金委优秀青年科学基金项目

• 2015年获得国家海外高层次人才计划青年项目

学习工作经历

• 2002-2006 复旦大学化学系本科

• 2006-2009 复旦大学化学系硕士

• 2009-2013 瑞士洛桑联邦理工学院化学科学与工程所博士

• 2013-2015 瑞士洛桑联邦理工学院化学科学与工程所博士后

• 2015-2025 复旦大学化学系研究员、博导

• 2025至今  复旦大学化学系教授、博导

授课情况

• 《分析化学AII》

• 《生物质谱仪器和质谱分析》

• 《人工智能在分析化学中的应用》

• 《综合化学实验》

• 《科研实践》

代表性论文或专著

• Y. Zong, Y. Wang, X. Qiu, X. Huang, L. Qiao*, Deep Learning Prediction of Glycopeptide Tandem Mass Spectra Powers Glycoproteomics, Nature Machine Intelligence, 2024, 6, 950–961

• D. Zhang, F. Yin, Q. Qin, L. Qiao*, Molecular Responses During Bacterial Filamentation Reveal Inhibition Methods of Drug Resistant Bacteria, PNAS, 2023, 120, e2301170120

• Y. Zong, Y. Wang, Y. Yang, D. Zhao, X. Wang, C. Shen, L. Qiao*, DeepFLR Facilitates False Localization Rate Control in Phosphoproteomics, Nature Communications, 2023, 14, 2269

• Y. Yang, G. Yan, S. Kong, M. Wu, P. Yang, W. Cao*, L. Qiao*, GproDIA enables data-independent acquisition glycoproteomics with comprehensive statistical control, Nature Communications, 2021, 12, 6073

• Y. Yang, X. Liu, C. Shen, Y. Lin, P. Yang, L. Qiao*, In silico spectral libraries by deep learning facilitate data-independent acquisition proteomics, Nature Communications, 2020, 11, 146

• R. Zhang, Y. He, J. Yi, L. Zhang, C. Shen, S. Liu, L. Liu, B. Liu, L. Qiao*, Proteomic and Metabolic Elucidation of Solar Powered Biomanufacturing by Bio-Abiotic Hybrid System, Chem, 2020, 6, 234–249

• Y. Liu, J. Zheng, L. Zhong, Z. Wang, D. Zhao, H. Lin, X. Zhang, K. Meng, X. Yang, D. Zhang, L. Lin*, L. Qiao*, Vessel-on-a-Chip Coupled Proteomics Reveal Pressure-Overload-Induced Vascular Remodeling, Advanced Science, 2025, 12: 2415024  

• E. Wu, V. Mallawaarachchi, J. Zhao, Y. Yang, H. Liu, X. Wang, C. Shen, Y. Lin, L. Qiao*, Contigs directed gene annotation (ConDiGA) for accurate protein sequence database construction in metaproteomics, Microbiome, 2024, 12, 58

• Y. Yang, D. Zhao, J. Luo, L. Lin, Y. Lin, B. Shan*, H. Chen*, L. Qiao*, Quantitative site-specific glycoproteomics reveals glyco-signatures for breast cancer diagnosis, Analytical Chemistry, 2025, 97, 114-121  

• G. Xu, E. Wu, Y. Lin, L. Lin*, L. Qiao*, Unsupervised Machine Learning for Differential Analysis in Proteomics, Analytical Chemistry, 2025, 97, 22530–22540

• Y. Yang, D. Li, P. Wu, H. Yang, J. Yi, D. Zhao, J. Yu, J. Ji, X. Chen*, L. Qiao*, Machine Learning-Driven Extracellular Vesicles Peptidomics Powers Precision Classification of Endometrial Cancer, Analytical Chemistry, 2025, 97, 28148–28157

• 12.Y. Wang, Z. Wang, Y. Zou, L. Lin*, L. Qiao*, Single-cell time-resolved metabolomics and lipidomics reveal apoptotic and ferroptotic heterogeneity during foam cell formation, Analytical Chemistry, 2024, 96, 14621–14629

• E. Wu, Y. Yang, J. Zhao, J. Zheng, X. Wang, C. Shen, L. Qiao*, High-Abundance Protein-Guided Hybrid Spectral Library for Data-Independent Acquisition Metaproteomics, Analytical Chemistry, 2024, 96, 1029–1037

• Z. Wang, B. Liu, L. Lin*, L. Qiao*, Mass Spectrometry for Mitochondrial Multi-omics, Trends in Analytical Chemistry, 2023, 163, 117063

• L. Qiao, J. Yi, Detection and Analysis of Microorganisms by Mass Spectrometry, Royal Society of Chemistry, 2023, DOI: https://doi.org/10.1039/9781837670338, ISBN: 978-1-83916-763-8